Việc tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước chỉ được diễn ra trong 2 trường hợp sau đây: Khi không cần thiết phải lưu giữ và việc tiêu hủy không gây nguy hại đến lợi ích quốc gia, dân tộc; Nếu không tiêu hủy ngay sẽ gây nguy hại cho lợi ích quốc gia, dân tộc.

Việc tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước phải đáp ứng các yêu cầu: Không để bị lộ, bị mất bí mật nhà nước; Quá trình tiêu hủy phải tác động vào tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước làm thay đổi hình dạng, tính năng, tác dụng; Tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước sau khi tiêu hủy không thể phục hồi hình dạng, tính năng, tác dụng, nội dung.

Về thẩm quyền tiêu hủy, Luật Bảo vệ bí mật nhà nước quy định: Người có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước độ Tuyệt mật và Tối mật có thẩm quyền quyết định tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước; Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an quy định thẩm quyền tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước thuộc phạm vi quản lý; Người đang quản lý tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước được quyền quyết định tiêu hủy trong trường hợp "Nếu không tiêu hủy ngay sẽ gây nguy hại cho lợi ích quốc gia, dân tộc" và báo cáo ngay bằng văn bản về việc tiêu hủy với người đứng đầu cơ quan, tổ chức.

Việc tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước trong trường hợp "Khi không cần thiết phải lưu giữ và việc tiêu hủy không gây nguy hại đến lợi ích quốc gia, dân tộc" được quy định như sau: 

Thứ nhất, Người có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước độ Tuyệt mật và Tối mật, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an có thẩm quyền quyết định thành lập Hội đồng tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước.

Thứ hai, Hội đồng tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước bao gồm đại diện lãnh đạo cơ quan, tổ chức trực tiếp lưu giữ tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước làm Chủ tịch Hội đồng; người trực tiếp lưu giữ tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước và đại diện cơ quan, tổ chức có liên quan.

Thứ ba, Hội đồng tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước có trách nhiệm rà soát tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước được đề nghị tiêu hủy, báo cáo người có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước độ Tuyệt mật và Tối mật, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an quyết định.

Thứ tư, Hồ sơ tiêu hủy phải được lưu trữ bao gồm quyết định thành lập Hội đồng tiêu hủy; danh sách tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước đề nghị tiêu hủy; biên bản họp Hội đồng tiêu hủy; quyết định tiêu hủy, biên bản tiêu hủy và tài liệu khác có liên quan.

Việc tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước trong lĩnh vực cơ yếu thực hiện theo quy định của pháp luật về cơ yếu; việc tiêu hủy tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước do Lưu trữ lịch sử lưu trữ được thực hiện theo quy định của pháp luật về lưu trữ.