Năm 2013, Học viện sẽ tuyển 100 chỉ tiêu cho chuyên ngành này. Thời gian đào tạo toàn khóa học từ một năm rưỡi đến hai năm (3 -  4 học kỳ), với hai hình thức đào tạo là Hệ chính quy tập trung (học tập trung tại Học viện Kỹ thuật Mật mã trong toàn khóa học) và Hệ chính quy không tập trung (thời gian học theo kế hoạch đào tạo của Học viện).

Học viện Kỹ thuật Mật mã (Ban Cơ yếu Chính phủ) là trung tâm nghiên cứu, đào tạo về Khoa học -  Công nghệ Mật mã và An toàn thông tin của ngành Cơ yếu Việt Nam. Hiện nay, Học viện đào tạo hai chuyên ngành chính là Kỹ thuật Mật mã (phục vụ cho ngành Cơ yếu) và An toàn thông tin.

Chuyên ngành kỹ sư An toàn thông tin được Học viện đào tạo từ năm 2004 với chương trình đào tạo xây dựng dựa trên các chương trình tiên tiến của các trường Đại học lớn trong và ngoài nước, chỉ tiêu tuyển sinh hằng năm là 250 sinh viên. Đến nay, Học viện đã và đang đào tạo gần 1.000 sinh viên và tỷ lệ kỹ sư ATTT có việc làm ngay sau khi tốt nghiệp lên đến 85%. Kỹ sư An toàn thông tin sau khi tốt nghiệp có thể đảm trách các nhiệm vụ: thiết kế và xây dựng hệ thống ATTT, kiểm định an toàn hệ thống, quản trị mạng, giám sát hệ thống ATTT hoặc tham gia làm công tác nghiên cứu, giảng dạy tại các trường Đại học và các Viện nghiên cứu về CNTT, ATTT q

Đối tượng tuyển sinh văn bằng 2 chuyên ngành An toàn thông tin của Học viện KTMM bao gồm:

Đối tượng miễn thi: Người đã có bằng tốt nghiệp Đại học chính quy ngành Điện tử viễn thông, chuyên ngành Kỹ thuật Mật mã tại Học viện Kỹ thuật Mật mã hoặc có bằng tốt nghiệp Đại học hệ chính quy ngành Công nghệ thông tin.

Đối tượng khác: Người có bằng tốt nghiệp Đại học ngành Điện tử Viễn thông phải học bổ sung kiến thức và kiểm tra sát hạch tại Học viện Kỹ thuật Mật mã với các môn: Cấu trúc dữ liệu và giải thuật, Công nghệ mạng, Cơ sở dữ liệu và Kỹ thuật lập trình. Những sinh viên đã hoàn thành các môn này trong chương trình Đại học thì sẽ được miễn kiểm tra.