Ứng dụng người dùng chứng thư số thường sử dụng các chứng thư số để ký số, kiểm tra chữ ký số, lập mã và giải mã các thông báo điện tử hay các tài liệu điện tử. Đôi khi ứng dụng người dùng chứng thư số còn yêu cầu thẩm quyền gắn nhãn thời gian TSA (thường được đặt tại hạ tầng PKI) gắn nhãn thời gian lên tài liệu điện tử và kiểm tra tính hợp lệ nhãn thời gian khi cần thiết.