Tại Quyết định số 1294/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ đã quy định Danh mục bí mật nhà nước thuộc lĩnh vực khoa học và công nghệ được chia thành 3 mức độ: Tuyệt mật, Tối mật và Mật. Trong đó:

- Bí mật nhà nước độ Tuyệt mật gồm các thông tin về nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt có ý nghĩa quyết định đến khả năng tác chiến phòng thủ đất nước, bảo vệ Tổ quốc gồm: Báo cáo, Tờ trình Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; văn bản gửi các bộ, ngành, địa phương liên quan xin ý kiến về chủ trương triển khai nhiệm vụ khoa học và công nghệ; Thuyết minh, báo cáo chuyên đề, báo cáo tổng hợp, báo cáo về kết quả và sản phẩm của nhiệm vụ khoa học và công nghệ; Quyết định phê duyệt, quyết định công nhận kết quả; hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, biên bản, phiếu nhận xét; báo cáo kiểm tra, đánh giá đối với nhiệm vụ khoa học và công nghệ.

- Bí mật nhà nước độ Tối mật gồm: Thông tin về nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt, nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia phục vụ quốc phòng, an ninh, trừ các nội dung được quy định của Bí mật nhà nước độ Tuyệt mật.

- Bí mật nhà nước độ Mật gồm: Báo cáo, Tờ trình Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; văn bản gửi các Bộ, ngành, địa phương liên quan xin ý kiến về chủ trương, chính sách mới liên quan đến hoạt động khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, năng lượng nguyên tử chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền công bố công khai; Chiến lược, quy hoạch, chương trình phối hợp hoạt động giữa Bộ Khoa học và Công nghệ với Bộ Quốc phòng và Bộ Công an có nội dung phục vụ quốc phòng, an ninh được cơ quan nhà nước có thẩm quyền công bố công khai; Thông tin về nhiệm vụ khoa học và công nghệ có nội dung về chủ quyền lãnh thổ, nhân quyền, tôn giáo, dân tộc ảnh hưởng đến bảo đảm quốc phòng, an ninh; Thông tin về sáng chế phục vụ quốc phòng, an ninh hoặc có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với phát triển kinh tế - xã hội như: Bản mô tả sáng chế, bản tóm tắt sáng chế trong đơn đăng ký sáng chế; Văn bằng bảo hộ sáng chế; Văn bản trao đổi trong quá trình thẩm định đơn đăng ký sáng chế, thẩm định liên quan đến văn bằng bảo hộ sáng chế có nội dung về giải pháp kỹ thuật của sáng chế;…; Thông tin, tài liệu về năng lượng nguyên tử, an toàn bức xạ và hạt nhân. 

Quyết định số 1294/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ được ký ban hành và có hiệu lực từ ngày 24/8/2020. Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Công an chịu trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra việc thi hành Quyết định này. Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.