Thực hiện chủ trương, đường lối đối ngoại của Đảng, Nhà nước, ngành Cơ yếu Việt Nam đã xây dựng, củng cố, tăng cường hợp tác với các đối tác truyền thống nhằm tương trợ, giúp đỡ lẫn nhau cùng phát triển, đồng thời vun đắp tình hữu nghị giữa Việt Nam với các nước ngày càng bền vững, góp phần củng cố về an ninh, chính trị của Việt Nam qua các thời kỳ. 

Trong giai đoạn mới, ngành Cơ yếu Việt Nam đã đẩy mạnh và mở rộng hợp tác với các đối tác có trình độ khoa học - công nghệ tiên tiến trên thế giới và khu vực nhằm tiếp thu, học tập kinh nghiệm trong lĩnh vực bảo mật và an toàn thông tin, nâng cao chất lượng nguồn nhân lực phục vụ xây dựng và phát triển ngành Cơ yếu Việt Nam đồng bộ, vững chắc, tiến thẳng lên hiện đại.

Ngay từ những ngày đầu thành lập, ngành Cơ yếu đã chú trọng đến công tác hợp tác quốc tế. Năm 1950, ngành Cơ yếu đã xây dựng mối quan hệ hợp tác với ngành Cơ yếu Trung Quốc. Các đoàn cán bộ chủ chốt và chuyên gia của hai bên thường xuyên giao lưu để trao đổi kinh nghiệm về khoa học kỹ thuật, nghiệp vụ mật mã. Phía Trung Quốc đã viện trợ một số máy móc, nguyên liệu in và thiết bị sản xuất khóa cho Việt Nam.

Việc mở rộng quan hệ hợp tác với các nước Liên Xô, Ba Lan và Hungary được bắt đầu từ những năm 1960. Những năm 1989 – 1990, khi nước ta đang triển khai tổ chức thực hiện chương trình hợp tác với Liên Xô và chương trình hợp tác với Ba Lan thì tình hình chính trị ở khu vực này thay đổi, nên kế hoạch hợp tác với hai nước này bị dừng lại, chỉ thực hiện chương trình hợp tác với Hungary.

Sau thời gian gián đoạn, đến tháng 9/1999, ngành Cơ yếu Việt Nam và Liên bang Nga đã được thiết lập lại thông qua việc ký kết Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ Liên bang Nga về hợp tác trong lĩnh vực bảo vệ thông tin. Phía Việt Nam do Ban Cơ yếu Chính phủ và phía Nga do Cơ quan Liên bang về thông tin liên lạc trực thuộc Tổng thống Liên bang Nga (gọi tắt là FAPSI) là đầu mối để triển khai các nội dung hợp tác. Đây được coi là văn kiện, cơ sở pháp lý quan trọng xác định những nguyên tắc chung và hướng hợp tác lâu dài giữa hai bên. Hai bên đã tập trung hợp tác trong lĩnh vực khoa học - công nghệ mật mã, đào tạo nâng cao trình độ cho cán bộ chuyên gia Việt Nam, cung cấp các văn bản pháp lý của Liên bang Nga trong lĩnh vực quản lý nhà nước về bảo mật và an toàn thông tin. 

Từ năm 2003, sau khi cơ quan FAPSI giải thể, đối tác thuộc Liên bang Nga tiếp tục triển khai Hiệp định đã ký là Cơ quan An ninh liên bang (Cơ quan FSB) và Cơ quan Bảo vệ liên bang (Cơ quan FSO). Hai bên tiếp tục triển khai các nội dung hợp tác đã được xác định trong văn bản đã ký giữa hai Chính phủ, đồng thời, thông qua hai cơ quan này, Ban Cơ yếu Chính phủ đã có mối quan hệ hợp tác với các tổ chức, doanh nghiệp của Liên bang Nga trong lĩnh vực bảo mật và an toàn thông tin…. Trong những năm gần đây, Ban Cơ yếu Chính phủ đã hợp tác chặt chẽ với các đối tác Liên bang Nga trong lĩnh vực bảo mật và an toàn thông tin, Chính phủ điện tử và lĩnh vực kinh tế - xã hội.

Đồng chí Nguyễn Chiến, Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ ký thỏa thuận hợp tác với Cơ quan An ninh Liên bang Nga trong lĩnh vực bảo mật và an toàn thông tin (năm 2008).

Ngành Cơ yếu Việt Nam và ngành Mật mã Cuba được thiết lập và có mối quan hệ hết sức mật thiết từ những năm 70 của thế kỷ 20. Hai bên đã thường xuyên trao đổi, chia sẻ kinh nghiệm trong lĩnh vực xây dựng và phát triển ngành. Năm 2001, được phép của Chính phủ hai nước, hai bên đã ký thỏa thuận hợp tác khoa học kỹ thuật mật mã giữa Ban Cơ yếu Chính phủ Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Bộ Nội vụ Cuba. Từ đó đến nay, hai bên đã triển khai có hiệu quả nhiều nội dung hợp tác.

Đối với ngành Cơ yếu Campuchia, từ năm 1979, theo Chỉ thị của Ban Bí thư Ban chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, hai bên đã trao đổi các đoàn qua lại làm việc để trao đổi kinh nghiệm trong việc xây dựng hệ thống tổ chức ngành mật mã, đào tạo cán bộ, trao đổi chuyên gia, viện trợ thiết bị. Cuối năm 1991, do tình hình chính trị của Campuchia thay đổi nên đã chấm dứt mối quan hệ hợp tác. Đến năm 2006, được phép của Chính phủ hai nước, ngành Cơ yếu Việt Nam và ngành Cơ yếu Campuchia đã chính thức có quan hệ hợp tác. Hai bên đã phối hợp triển khai hợp tác trên các lĩnh vực đào tạo bồi dưỡng cán bộ, trao đổi chuyên gia, cung cấp thiết bị.

Mối quan hệ hợp tác giữa ngành Cơ yếu Việt Nam và ngành Cơ yếu Lào đã trở thành mối quan hệ hợp tác truyền thống “đặc biệt” vững chắc, toàn diện và đạt được kết quả trên tất cả các lĩnh vực. Hai bên đã triển khai công tác đào tạo, xây dựng phát triển nguồn nhân lực, trao đổi chuyên gia và cung cấp trang thiết bị kỹ thuật nghiệp vụ mật mã, từng bước hiện đại hóa ngành Cơ yếu Lào.

Ngày nay, trong xu thế toàn cầu hóa và hội nhập quốc tế diễn ra mạnh mẽ cùng với sự phát triển không ngừng của khoa học - công nghệ nhất là công nghệ thông tin và truyền thông, nguy cơ về khả năng xảy ra các cuộc chiến tranh thông tin trên không gian mạng với quy mô đa quốc gia ngày càng lớn; trình độ thu tin, mã thám của các thế lực thù địch ngày càng được nâng cao là những thách thức hết sức khó khăn của các sản phẩm mật mã. 

Bên cạnh đó, nhu cầu của xã hội trong vấn đề bảo mật và an toàn thông tin cũng ngày một gia tăng…. Trước yêu cầu bảo mật thông tin lãnh đạo, chỉ đạo, chỉ huy của Đảng, Nhà nước và các ngành, các cấp, các tổ chức kinh tế xã hội trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, hoạt động hợp tác quốc tế trong lĩnh vực Cơ yếu cần được phát triển sâu, rộng nhằm tiếp thu các thành tựu tiên tiến về khoa học - công nghệ mật mã để rút ngắn khoảng cách giữa khoa học - công nghệ mật mã của Việt Nam với trình độ phát triển chung trong khu vực và thế giới. 

Ngành Cơ yếu cần tiếp tục củng cố, phát triển và mở rộng quan hệ hợp tác với các đối tác có nền khoa học - công nghệ tiên tiến, tiếp thu các tiến bộ khoa học - công nghệ, khoa học mật mã hiện đại và các lĩnh vực liên quan góp phần nâng cao trình độ khoa học - công nghệ mật mã của Việt Nam, đáp ứng các yêu cầu nhiệm vụ của Ngành trong giai đoạn mới. Thiết lập mối quan hệ và tham gia các hoạt động của các tổ chức quốc tế về mật mã và an toàn thông tin góp phần nâng cao vị thế của Việt Nam trên trường quốc tế. Tiếp tục củng cố và phát triển mối quan hệ hợp tác với các đối tác truyền thống, góp phần thực hiện thắng lợi nhiệm vụ quốc tế mà Đảng và Nhà nước giao phó.